Emilio Jacinto sinh ra tại Tondo, Manila. Ông thành thạo cả tiếng Tây Ban Nha và tiếng Tagalog. Ông theo học tại Trường San Juan de Letran, và sau đó chuyển sang Đại học Santo Tomas để học luật. Manuel Quezon, Sergio Osmeña và Juan Sumulong là bạn cùng lớp của ông. Ông đã không học hết đại học và khi mới 19 tuổi, Jacinto đã gia nhập vào một tổ chức bí mật được gọi là Katipunan. Tổ chức này được tách ra khỏi La Liga Filipina (Liên minh Philippines) và có mục đích đấu tranh chống Thực dân Tây Ban Nha bằng con đường bạo lực cách mạng, giành độc lập cho Philippines. Ông trở thành cố vấn tài chính và làm thư ký cho Andrés Bonifacio. Ông sau này được gọi là Utak ng Katipunan (Bộ não của Katipunan). Ông và Bonifacio cũng kết bạn với Apolinario Mabini để duy trì mối quan hệ với tổ chức La Liga Filipina của José Rizal.

Jacinto cũng viết báo Kalayaan (Tự do), cơ quan ngôn luận của Katipunan. Ông đã viết báo dưới bút danh "Dimasilaw", và sử dụng bí danh "Pingkian" trong Katipunan. Jacinto cũng là tác giả của cuốn Kartilya ng Katipunan, sách hướng dẫn cho thành viên Katipunan mới vào hội.

Sau khi Andrés Bonifacio và em trai là Procopio Bonifacio bị hành hình ngày 5 tháng 10 năm 1897, Jacinto thúc đẩy cuộc đấu tranh của Katipunan. Giống như tướng Mariano Álvarez, ông đã từ chối tham gia lực lượng của tướng Emilio Aguinaldo, lãnh đạo phe Magdalo của Katipunan. Jacinto định cư tại Laguna và cũng tham gia vào lực lượng dân quân chống lại Thực dân Tây Ban Nha ở đó. Jacinto mắc bệnh sốt rét và mất ở Magdalena, Laguna, thọ 23 tuổi. Thi hài của ông được chôn cất ở Santa Cruz, Laguna, và được chuyển đến nghĩa trang Bắc Manila vài năm sau đó.

Ông đã kết hôn với Catalina de Jesus, bà đã mang thai đứa con đầu lòng của ông, Emilio Jacinto y De Jesus Jr. đúng lúc ông qua đời.